Στους προπτυχιακούς φοιτητές/τρες χορηγούνται υποτροφίες με κριτήρια την πανεπιστημιακή επίδοση και την οικονομική κατάσταση του φοιτητή. Βασικός φορέας παροχής υποτροφιών είναι το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών (Ι.Κ.Υ.). Το Ίδρυμα Κρατικών Yποτροφιών δίνει υποτροφίες για την εισαγωγή στο Πανεπιστήμιο και για τα πρώτα τρία (3) έτη σπουδών, ανάλογα με την επίδοση στα μαθήματα. Η ημερομηνία αλλάζει κάθε χρόνο, καθώς εξαρτάται από το χρονικό διάστημα δρομολόγησης των απαραίτητων διαδικασιών από το Ι.Κ.Τ. Υποτροφίες για φοιτητές και φοιτήτριες του Πανεπιστημίου Αιγαίου:
- ΥΠΑΤΙΑ: Πρόγραμμα υποτροφιών Υποψηφίων Διδακτόρων Πανεπιστημίου Αιγαίου
-
Χορήγηση ετήσιας υποτροφίας "Σπυρίδων Χατζησπύρος" σε μεταπτυχιακούς φοιτητές
- Υποτροφίες μεταπτυχιακών φοιτητών/τριών
- 20150323 - Προκήρυξη Φοιτητικών Βραβείων Αριστείας Πανεπιστημίου Αιγαίου
- Υποτροφία «Ναταλία Τζωρακολευθεράκη»
- Υποτροφία «Παναγιώτη Σεβαστέλη»
- Υποτροφία «Όμηρου Κοντούλη»
Παράλληλα με τις παραπάνω υποτροφίες υπάρχει το πρόγραμμα «Η Σάμος στηρίζει τους φοιτητές της»
Επίσης, τοπικοί φορείς όπως: ο Δήμος Ανατολικής Σάμου, ο Δήμος Δυτικής Σάμου και η Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Σάμου, χορηγούν στους/στις φοιτητές/τριες υποτροφίες με κριτήρια την επίδοσή τους στις σπουδές.